在温室辣椒栽培过程中，许多农户都感到辣椒不好种。其主要原因是辣椒定植后易发生不发棵、或死棵现象。辣椒生产实践证实：育苗、定植及后续管理过程中注意保护根系是辣椒高产优质栽培的重要措施。
一、辣椒的根系
辣椒属根系不发达的茄果类蔬菜，主根粗、根量少、根系生长慢、木栓化程度较高，到2～3片真叶时才能生出较多的二次侧根。茎基部不易产生不定根，且根系受伤后再生能力较差。通常在根的前端有1～2厘米的根毛区，其上密生根毛，吸水能力强。育苗移栽的辣椒根系主要分布在5～20厘米土层内。
根吸水主要依靠幼嫩的根和根毛。栽培中应促使辣椒不断地发生新根和长出根毛。
辣椒的根系不耐旱，又怕涝，对氧气要求严格，土层深厚肥沃、富含有机质和透水性好的土壤有利根系发育。
二、护根、养根、促根措施
1、育壮苗
培育无病壮苗是辣椒育苗期间的首要任务。有好根才有好苗。育苗时，辣椒2片真叶后，可用戴乐生根液、或戴乐根喜多、或华硕生根液100毫升对15公斤水喷淋苗盘，间隔10～15天再喷淋一次为佳。
2、防烧根
施肥原则：有机、无机相结合，化肥、菌肥相结合，大量元素、中微元素相结合，基施、追施、叶面施相结合。
农肥基施：辣椒生育期长，必须做到腐熟、捶细、适量、深施，以防烧根。
化肥基施：应氮磷钾配施，以缓释肥为主，并增施中微量元素（神优）及土壤调酸物质（戴乐稼富）。
追施化肥：应根据辣椒生育期适时、适量冲施全溶性、高浓缩、纯营养、不烧根的旺根含腐植酸水溶肥料。
旺根含腐植酸水溶肥料-科莱茵-欧特
净含量：20kg
低温生根迅速、减少肥料投入、缓苗期强力生根、高温壮根显著
延长植株寿命、主次根均衡生长
产品特点：：
1、本品采用德国新高密度液体复合技术研制而成的超浓缩、高含量复合悬浮液肥，吸收率高达95%；
2、采用优质进口原料和世界新水溶性甲壳素（植物疫苗）融入技术；
3、富含作物生根所需的甲壳素、氨基酸、黄腐酸、生物炭、有机质和鳌合微量元素，促使作物强力生根、壮根壮苗、抗寒抗旱、保水保肥、活化土壤；
4、有效缓解作物不发根、不生根、寒根、烂根、黑根、根腐及叶片黄化等生理性病害。
5、纯营养制剂，不含任何激素。
3、防沤根
除定植水应灌透定植穴外，以后灌水宜“小水浅灌、勤灌”，严禁大水漫灌淹茎基部或淹旱塘，尤其是冬季至早春低温季节，灌水也要看天气，好选在晴天上午十点前灌结束，至多灌多半沟，忌沟内长时间积水，以防根际缺氧沤根。
4、防病害
辣椒生长期间，根腐病、根结线虫病等病害都会危害根系，严重时会造成大量死棵。应配套落实以下防病、护根措施。
高温闷棚：辣椒连种3～4年、或辣椒死棵较多时，好利用夏季休闲时段进行高温闷棚。为确保高温闷棚质量，必须有序落实深翻施肥、灌足水、地表盖膜、密闭温室、清洁棚膜、夜间盖帘等措施。
增施菌肥：基施化肥、农肥时，一并增施金冠菌、或海状元微生物菌剂、或沃丰康复合微生物菌剂等，尤其是高温闷棚后，更应多施微生物菌肥。定植时，可穴施海状元双藻菌露200、或沃丰康复合微生物菌剂，以防病、护根。
土壤处理：定植前，每5间可用70%托富宁可湿性粉剂1袋﹙500克﹚、或50%扬农多菌灵可湿性粉剂1袋﹙400克﹚，与干土拌匀后撒入土壤中进行消毒，也可结合灌泡沟水随水冲施托富宁、或扬农多菌灵。
药剂蘸根：定植前，可用阿泰灵2袋（30克）＋盈盾2袋（20克）＋锐师1袋（20克）＋喷旺1袋（20克）对2桶水（30公斤）蘸根，以促根防病。
缓苗冲肥：结合浇缓苗水，冲施戴乐生根液、或戴乐根喜多、或泰根达，促进根系发育，缩短缓苗时间，提高抗病能力。
5、提地温
冬季至早春低温季节，应注意有序落实适时拉帘升温、适时收风口蓄温、加立帘双层覆盖保温、架电钨灯或燃增温块增温等措施，尽力提高地温，以利根系发育。同时，追施有利提高地温的海状元浓缩海藻肥等。
6、翻旱塘
旱塘时间稍长，易被踏实。应适时浅翻，并施入海状元微生物菌剂混匀，以增加根际周围通透性和微生物群落数量，促进根系发育。